Zasebne publikacije
Putanja klatna. Ugarsko-hrvatsko kraljevstvo i Bosna u 14. stoljeću, Zavod za povijesne znanosti HAZU u Zadru - Ziral, Zadar-Mostar, 1997, str. 298;
Tko je pogriješio u Bosni, Panliber, Osijek-Zagreb-Split, 1999, str. 128 (drugo dopunjeno i prošireno izdanje: Crkva na kamenu, Mostar, 2001, str. 265);
Jajce. Portret srednjovjekovnog grada, Muzej hrvatskih arheoloških spomenika, Split, 1999, str. 168;
Hrvatska u karolinško doba, MHAS, Split, 2001, str. 104;
Na rubu Zapada. Tri stoljeća srednjovjekovne Bosne, Hrvatski institut za povijest, Zagreb 2001, str. 299;
Livno. Srednjovjekovna hrvatska županija (Kulturno-povijesni vodič 16), Muzej hrvatskih arheoloških spomenika, Split 2001, str. 32;
Što svi znaju i što je „svima jasno“: Historiografija i nacionalizam, Hrvatski institut za povijest, Zagreb 2008, str. 270;
Zasebne publikacije vrela
Registar Artikucija iz Rivignana (Srednjovjekovni registri zadarskoga i splitskoga kaptola 1 – Poseban otisak iz: Fontes 11), Zagreb 2005, str. 302;
Registar Petra de Serçane (Srednjovjekovni zadarskoga i splitskoga kaptola 3 – Poseban otisak iz: Fontes 15), Zagreb 2009, str. 240;
Registar Splitskoga kaptola (Srednjovjekovni registri zadarskoga i splitskog kaptola 5 – Fontes: Izvori za hrvatsku povijest 20), Zagreb 2014, str. 299.
Skupna djela
A.F. Markotić – M. Ančić (ur.), Herceg-Bosna ili ... Zbornik radova, Mostar 1996;
Izvorni znanstveni radovi i rasprave u časopisima i zbornicima:
"Neke sličnosti i razlike narodne medicine u Bosni i Dalmaciji 18. i 19. stoljeća", Socijalna medicina (Sarajevo) 5-6/1981, 399-405;
"Jedan fragment iz života Sandalja Hranića", Prilozi Instituta za istoriju u Sarajevu 19/XX/1982, str. 253-260;
"Bihać - slobodna kraljevska varoš", Istorijski zbornik (Banja Luka) IV/4/1983, str. 125-134;
"Bihaćki kraj od 1262. do početka XV stoljeća" (Summary: Bihać and its District from 1262 till the Beginning of 15th Century), Glasnik arhiva i Društva arhivskih radnika BiH (Sarajevo) XXV/1985, str. 193-230;
Gdje je bio podignut prvi franjevački samostan u srednjovjekovnoj Bosni" (Summary: Where the First Franciscan Monastery in the Medieval Bosnia was Built), Prilozi Instituta za istoriju u Sarajevu 21/XX/1985, str. 95-114 (pretiskano, s dopunama i izmjenama, u: Na rubu Zapada. Tri stoljeća srednjovjekovne Bosne, Zagreb 2001, str. 207-223);
"Gospodarski aspekti stočarstva cetinskog komitata u XIV st." (Zusammenfassung: Die Wirtschaftlichen aspekte der Viehzucht im Komitat von Cetina im XIV. Jahrhundert), Acta historico-oeconomica Iugoslaviae (Zagreb) 14/1987, str. 69-98;
"Neuspjeh dualističke alternative. O recepciji bosanske 'hereze' u komunalnim društvima istočnog Jadrana" (Summary: The Failure of the Dualist Alternative. On reception of the Bosnian 'Heresy' in the Communal Societies of the Eastern Adriatic), Prilozi Instituta za istoriju u Sarajevu 23/XXII/1987, str. 7-35;
"Prospografske crtice o Hrvatinićima i Kosačama" (Summary: Prosopographic Remarks on the Hrvatinići and Kosača Families), Istorijski časopis (Beograd) XXXIII/1986, str. 37-56 (ćir.);
"Pet dokumenata za povijest istočnojadranskog zaleđa na početku XV stoljeća", Glasnik arhiva i Društva arhivskih radnika BiHXXIX/1989, str. 159-168;
"I rapporti tra i Malatesti e la Bosnia. Le condizioni per la formazione di uno stereotipo", Atti (Giornata di studi Malatestiani a Cesena) 8, Centro studi Malatestiani, Rimini 1990, str. 61-75 = "Veze Malatesta i Bosne. Uvjeti za stvaranje stereotipa", Historijski zbornik (Zagreb) XLII/1989, str. 137-150 (pretiskano, s dopunama, u: Na rubu Zapada. Tri stoljeća srednjovjekovne Bosne, Zagreb 2001, str. 243-254);
"Ljetopis kraljeva Hrvatske i Dalmacije /Vrijeme nastanka i autorstvo Hrvatske redakcije Ljetopisa popa Dukljanina/" (Summary: The Chronicle of the Kings of Croatia and Dalmatia /On the Origins and the Authorship of Croatian Redaction of The Chronicle of Presbiter of Dioclea/), Zgodovinski časopis (Ljubljana) 44-4/1990, str. 521-546 (= Zvonimir kralj Hrvatski /Zbornik radova/, Zagreb, 1997, str. 273-304);
"Pobožnost franjevaca bosanske vikarije u drugoj polovici XIV. stoljeća", u: Sedam stoljeća bosanskih franjevaca 1291-1991(Zbornik radova), Samobor, 1994, str. 109-124 (pretiskano, s dopunama i izmjenama, u: Na rubu Zapada. Tri stoljeća srednjovjekovne Bosne, Zagreb 2001, str. 225-242);
"Parba za dio nasljeđa banovca Jakova Šubića Bribirskog" (Summary: Litigation for the Part of the Legacy of Jakov Šubić of Bribir), Radovi Zavoda za povijesne znanosti HAZU u Zadru36/1994, str. 309-352;
"Cistercitska opatija u Topuskom do pretvaranja u komendu" (Zusammenfassung: Die Zisterzienserabtei in Topusko bis zur Verwaldung in Kommende), Radovi Zavoda za hrvatsku povijest(Zagreb) 27/1994, str. 29-42;
"Pojasevi i druge dragocjenosti u kasnosrednjovjekovnim obiteljskim riznicama" (Summary: Belts and other valuables in late medieval family treasuries), Starohrvatska prosvjeta (Split) 22/1995, str. 151-160;
"Knin u razvijenom i kasnom srednjem vijeku" (Summary: Knin in the High and Late Medieval Ages), Radovi Zavoda za povijesne znanosti HAZU u Zadru 38/1996, str. 53-95;
"Humsko kneštvo" (Summary: The Principality of Hum), u: Ljubuški kraj, ljudi i vrijeme (Zbornik radova sa znanstvenog skupa), Ziral-Naša djeca, Mostar-Zagreb, 1996, str. 129-142;
"Križarske vojne' XIII. stoljeća. Prilog poznavanju odnosa ugarsko-hrvatskog kraljevstva i Bosne", Radovi hrvatskog društva za znanost i umjetnost (Sarajevo) IV/1996, str. 13-35 (pretiskano, s dopunama i izmjenama, u: Na rubu Zapada. Tri stoljeća srednjovjekovne Bosne, Zagreb 2001, str. 89-106);
"Vlastelinstvo hrvatskog hercega u gorskoj županiji" (Summary: The Estate of the Croatian Duke in the County Gora), Povijesni prilozi (Zagreb) 15/1996, str. 201-240;
"From the Karolingian Official to the Ruller of Croats. Croats and the Carolingian Empire in the First Half of the 9th Century", Hortus Artium Medievalium (Zagreb) 3/1997, str. 7-13 (dopunjeno na hrvatskom jeziku: "Od karolinškoga dužnosnika do hrvatskog vladara. Hrvati i Karolinško carstvo u prvoj polovici IX. stoljeća", Radovi Zavoda za povijesne znanosti HAZU u Zadru 30/1998, str. 20-35);
"Cistercians in the 13th Century Croatia", Mediaevistik (Salzburg) 10/1997, str. 205-218;
"Ser Ciprijan Zaninov. Rod i karijera jednog splitskog patricija druge polovice XIV. st." (Summary: Ser Ciprijan Zaninov - Career of a Patrician from Split in the Second Half of the 14th Century), Radovi Zavoda za povijesne znanosti HAZU u Zadru39/1997, str. 37-80;
"Srednjovjekovni montaneji" (Summary: Medieval Montanei), Starohrvatska prosvjeta 24/1997, str. 3-24;
"The Waning of the Empire. The Disintegration of Byzantine Rule on the Eastern Adriatic in the 9th Century", Hortus Artium Medievalium 4/1998, str. 15-24 (dopunjeno na hrvatskom jeziku: "Imperij na zalasku. Nestanak bizantske vlasti na istočnoj obali Jadrana u 9. stoljeću", Radovi Zavoda za povijesne znanosti HAZU u Zadru 41/1999, str. 1-20);
"Translatio beati Grisogoni martyris kao povijesno vrelo" (Summary: Translatio beati Grisogoni martyris as Historical Source), Starohrvatska prosvjeta 25/1998, str. 127-138;
"Desetljeće od 1091. do 1102. u zrcalu vrela" (Summary: The decade between 1091 and 1102 according to the sources), Povijesni prilozi 17/1998, str. 233-259;
"Razvoj srednjovjekovnog naseobinskog kompleksa na mjestu današnjeg Sarajeva", Hrvatska misao (Sarajevo) 10-11/1999, str. 46-80 (pretiskano, s izmjenama, u: Na rubu Zapada. Tri stoljeća srednjovjekovne Bosne, Zagreb 2001, str. 177-206);
"Renesansni rat i diplomacija. Primjer pada Bosne 1463.", u: Hrvatska srednjovjekovna diplomacija (Zbornik Diplomatske Akademije 2), Zagreb, 1999, str. 143-178 (pretiskano, s dopunama, u: Na rubu Zapada. Tri stoljeća srednjovjekovne Bosne, Zagreb 2001, str. 107-139);
"Srednjovjekovno vladarsko vlastelinstvo Drid /Problemi vlasništva i organizacija u XIII st./" (Summary: The medieval manorial estate Drid: Problems of ownership and organization in 13th century), Povijesni prilozi 19/2000, str. 87-111;
"Mjesto Branimirove Hrvatske u suvremenom svjetskom poretku" (Summary: The Position of Branimir's Croatia in Contemporary World Order), Zgodovinski časopis 55-3/2001, str. 305-320;
"Image of Royal Authority in the Work of Thomas Archdeacon", Povijesni prilozi 22/2002, str. 29-40; = "Slika kraljevske vlasti u djelu Tome arhiđakona", Toma Arhiđakon i njegovo doba. Zbornik radova sa znanstvenog skupa održanog 25'27. rujna 2000. godine u Splitu, Split 2004, 77-91;
"Bilinopoljska abjuracija u suvremenom europskom kontekstu", Prilozi Instituta za historiju u Sarajevu 32/2003, ;
"Vrijeme i okolnosti postanka Novigradskog zbornika" (Summary: Origins of Novigrad collection of Croatian common law), Povijesni prilozi 25/2003, 136-161;
"Zajednička država'. Srednjovjekovna stvarnost ili povijesna utvara", Hrvatsko-mađarski odnosi 1102. – 1918. Zbornik radova, Zagreb 2004, 51-64;
"Od vladarske curtis do gradskog kotara. Bijaći i crkva sv. Marte od početka 9. do početka 13. stoljeća" (Summary: From the regnal curtis to the Town Borough), Starohrvatska prosvjeta 26/1999 (2004), 189-236;
"Bosanska banovina i njezino okruženje u prvoj polovici 13. stoljeća", u: Fenomen "krstjani" u srednjovjekovnoj Bosni i Humu. Zbornik radova (ur. F. Šanjek), Sarajevo – Zagreb 2005, 11-25;
"Medieval Bosnia and the Trans-Adriatic Traffic in Images and Goods", u: N. KURAN-BURÇOĞLU – S. GILSON MILLER (ur.), Representations of the "Other/s" in the Mediterranean World and Their Impact on the Region, Istanbul 2005, 57-71 (u suautorstvu sa S. Grgasom);
"Lombard and Frankish Influences in The Formation of The Croatian Dukedom", u: G. BROGIOLO – P. DELOGU (ur.),L'Adriatico dalla tarda antichità all'età carolingia (Atti del convegno di studio Brescia 11-13 ottobre 2001), Firenze 2005, 213-228;
"Inventar splitskog kancelara i javnog bilježnika Tome Colutii de Cingulo (Prilog poznavanju prvih humanističkih krugova u Dalmaciji)" (Summary: The Inventory of the Chancellor and Public Notary Thomas Colutii de Cingulo from the City of Split),Radovi Zavoda za povijesne znanosti HAZU u Zadru 47/2005, 99-148;
"Kasnosrednjovjekovni Stolac" (Summary: The late-medieval Stolac), Povijesni prilozi 29/2005, 41-58;
"Nastava povijesti između narativa 'kolektivne memorije' i historijske znanosti", u: Povijesno naslijeđe i nacionalni identitet. Zbornik, Zagreb 2006, 70-78 (prošireno i dopunjeno u: Što "svi znaju" i što je "svima jasno": Historiogafija i nacionalizam, Zagreb 2008, 51-69);
"Architecture on Royal Domains in Northern Dalmatia", Hortus artium medievalium 13(1)/2007, 203-210;
"Kako «popraviti» prošlost. Konstrukcija memorije na nadgrobnim spomenicima 15. stoljeća" (Summary: How to 'rectify' the past: the construction of memory on the fifteenth-century gravestones), Povijesni prilozi 34/2008, 83-102;
"Od tradicije «sedam pobuna» do dragovoljnih mletačkih podanika. Razvojna putanja Zadra u prvom desetljeću 15. stoljeća" (Summary: From the tradition of 'seven rebellions' to the voluntary Venetian subjects: the development of Zadar in the first decade of the fifteenth century), Povijesni prilozi 37/2009, 43-96;
"Zadarska biskupija u okviru splitske metropolije do 1154.", u:Sedamnaest stoljeća zadarske Crkve: Zbornik radova znanstvenog skupa o 1700. obljetnici mučeništva sv. Stošije (Anastazije) 16. – 18- studenog 2004, Zadar 2009, 105-130;
"Zamišljanje tradicije: Vrijeme i okolnosti postanka 30. glave djela De administrando imperio" (Imagining the tradition: When and why the 30th chapter of the De administrando imperio was written), Radovi Zavoda za hrvatsku povijest Filozofskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu 41/2010, 133-151;
"Ranosrednjovjekovni Neretvani ili Humljani: Tragom zabune koju je prouzročilo djelo De administrando imperio" (The early medieval Narentines or Chulmians: Tracing the confusion caused by De administrando imperio), u: Hum i Hercegovina kroz povijest: Zbornik radova I (ur. Ivica LUČIĆ), Zagreb 2011, 217-278;
"Church with incomplete biography: plans for the consolidation of Byzantine rule on the Adriatic at the beginning of the ninth century", u: Danijel DZINO – Ken PARRY (eds.), Byzantium, its neighbours and its cultures (Byzantina Australiensia 20), Sydney, 2014., 69-86.
"Mjesto Bosne i Hercegovine u konstrukciji povijesti Dominika Mandića (Kako danas čitati djela Dominika Mandića)" (Summary: The Role of Bosnia and Herzegovina in Dominik Manidć's Historical Constructions: How to read the works of Mandić today), u: Dr. fra Dominik Mandić (1889.-1973.): Zbornik radova sa znanstvenog simpozija, Mostar, 2014., 867-883.
"Od zemlje do kraljevstva: Mjesto Bosne u strukturi Archiregnuma", Hercegovina 1(26)/2015, 9-88.
Poglavlje u knjizi
"Od kralja 'poluboga' do prvih ideja o 'nacionalnom' kraljevstvu",Kolomanov put. Katalog izložbe, Zagreb 2002, 42-111;
"Srednjovjekovni Omiš", u: Ž. DOMLJAN (ur.), Omiš i Poljica, Zagreb 2006, 47-66;
"Srednjovjekovno plemstvo na prostoru između Zrmanje i Neretve", u: Dalmatinska zagora: nepoznata zemlja (katalog izložbe – ur. V. Kusin), Zagreb 2007, 149-158;
"Srednjovjekovni Vlasi kontinentalne Dalmacije", u: Dalmatinska zagora: nepoznata zemlja (katalog izložbe – ur. V. Kusin), Zagreb 2007, 161-167;
"Kako danas čitati rasprave Franje Račkoga", u: Franjo RAČKI,Nutarnje stanje Hrvatske prije XII. stoljeća, Zagreb 2008, VII-XXXVIII;
Pregledni i neklasificirani članci i rasprave
"Stjepan Tvrtko I.", Napredak. Hrvatski narodni kalendar za 1992, Sarajevo 1991, str. 88-94;
"Uljudba, povijest i prostor", Glasje (Zadar) 6/1996, str. 80-84 (pretiskano u: Tko je pogriješio u Bosni, Mostar 2001², str. 13-19);
"Tri Bosne", Hrvatska misao (Sarajevo) 6/1998, str. 7-11 (pretiskano u:Tko je pogriješio u Bosni, Mostar 2001², str. 108-119);
"Politička struktura srednjovjekovne Bosne", Napredak. Hrvatski narodni godišnjak 1999, Sarajevo 1998, str. 173-181;
"Od etničke 'zemlje' do nesavršenog 'nacionalnog prostora'",Glasje 11-12/1999, str. 8-17 (pretiskano u: Tko je pogriješio u Bosni, Mostar 2001², str. 20-33);
"Hrvatski 'sveti prostori'. Stvarni i zamišljeni", Glasje 14-15/2003, 101-111 (prošireno i dopunjeno u: Što "svi znaju" i što je "svima jasno": Historiogafija i nacionalizam, Zagreb 2008, 31-50);
"Društvo, etnicitet i politika u Bosni i Hercegovini", Časopis za suvremenu povijest (Haški sud za bivšu Jugoslaviju i povjesničari) 36/1/2004, 293-329 (= «Society, Ethnicity, and Politics in Bosnia-Herzegovina», ČSP 36/1/2004, 331-359);
"Rekonstrukcija ili de(kon)strukcija: izgledi Bosne i Hercegovine u svjetlu iskustva raspada Jugoslavije", Status (Mostar) 2/2004, 63-77 (pretiskano u: Što "svi znaju" i što je "svima jasno": Historiogafija i nacionalizam, Zagreb 2008, 181-211);
"Što 'svi znaju' i što je 'svima jasno' glede rata u Bosni i Hercegovini", Status 3/2004, 35-42 (prošireno i dopunjeno u: Što "svi znaju" i što je "svima jasno": Historiogafija i nacionalizam, Zagreb 2008, 157-181);
"Historiografija i nacionalizam. Između kolektivnog pamćenja i historiografije", Status 4/2004, 49-62 (prošireno i dopunjeno u: Što "svi znaju" i što je "svima jasno": Historiogafija i nacionalizam, Zagreb 2008, 71-103);
"Što je Bosna bez Hercegovine", Status 9/2006,
"Jedan čovjek – jedan glas ili 'hodte nami vi na viru'", Status 12/2007, 163-171;