Kad Senat prihvati pozitivnu ocjenu doktorskog rada, u pravilu na istoj sjednici imenuje stručno povjerenstvo za obranu doktorskog rada od najmanje tri člana i jednog zamjenika koji je nastavnik u znanstveno-nastavnom zvanju sa Sveučilišta u Zadru te ga ovlašćuje da odredi datum i mjesto održavanja obrane doktorskog rada.
Stručno povjerenstvo za obranu doktorskog rada određuje dan i mjesto obrane doktorskog rada vodeći računa o prijedlogu mentora i studenta.
Članovi stručnog povjerenstva za ocjenu doktorskog rada mogu biti i članovi stručnog povjerenstva za obranu.
Članovi stručnog povjerenstva trebaju ispunjavati jednake uvjete kao i stručno povjerenstvo za ocjenu doktorskog rada.
Jedan od članova stručnog povjerenstva za obranu doktorskog rada može sjednici nazočiti putem nekog od online video sustava za sinkronu komunikaciju.
Istodobno s imenovanjem stručnog povjerenstva za ocjenu doktorskog rada, Sveučilište objavljuje naslov i sažetak rada na hrvatskom i engleskom jeziku na internetskim stranicama Sveučilišta te omogućuje nadzirani uvid u doktorski rad zainteresiranim članovima stručne javnosti.
Obrana doktorskog rada je javna, a doktorski rad mora biti dostupan javnosti najmanje osam dana prije obrane. Doktorski rad se u tiskanom, neuvezanom, obliku izlaže u Sveučilišnoj knjižnici.
Osoba koja traži uvid u doktorski rad treba potpisati izjavu kojom se garantira zaštita autorskog prava studenta. Ured za poslijediplomske studije treba dostaviti obrazac izjave knjižnici, a knjižnica vratiti Uredu popunjeni obrazac u slučaju kad je netko tražio u knjižnici rad na uvid.
Obrana doktorskog rada provodi se najkasnije u roku mjesec dana od dana prihvaćanja pozitivnog izvješća.
U slučaju da rezultati istraživanja doktorskog rada uključuju inovaciju podobnu za zaštitu prava intelektualnog vlasništva, doktorand i mentor mogu o tome izvijestiti nadležni ured Sveučilišta. U tom slučaju, doktorand može, uz suglasnost mentora, prije predaje doktorskog rada na ocjenu, zatražiti da se s predanim doktorskim radom postupa tajno, do trenutka javne obrane. Nadležni ured provodi postupak pravne zaštite i komercijalizacije rezultata istraživanja, u skladu s odgovarajućim pravilnikom. U tom slučaju, javna obrana se može odgoditi, uz suglasnost doktoranda, do najdulje godinu dana od predaje doktorskog rada na ocjenu. Molbi za odgodu javne obrane treba priložiti potvrdu nadležnog ureda o pokretanju postupka pravne zaštite i komercijalizacije rezultata istraživanja.
U slučaju združenih ili dvojnih doktorata, obrana se može održati na drugome sveučilištu.
Na oglasnoj ploči nositelja studija, odnosno na mrežnoj stranici Sveučilišta objavljuje se ime i prezime studenta, naslov doktorskog rada, sažetak rada, ime i prezime mentora (i komentora) sastav stručnog povjerenstva za obranu, te vrijeme, dan i mjesto obrane doktorskog rada najmanje osam dana prije dana utvrđenog za obranu.
Ako student bez opravdanog razloga ne pristupi obrani rada u roku iz prethodnog stavka, Senat na prijedlog stručnog povjerenstva za obranu obustavlja postupak za stjecanje doktorata znanosti i o tome obavještava studenta.
Protokol obrane
Na obrani doktorskog rada predsjednik stručnog povjerenstva otvara postupak obrane, iznosi opće podatke o studentu, rezultatima njegovog studija i njegovim radovima, te čita zaključke izvješća na temelju kojih je stručno povjerenstvo za ocjenu doktorskog rada povoljno ocijenilo i prihvatilo rad.
Nakon izvješća predsjednika stručnog povjerenstva student izlaže sadržaj doktorskog rada i objašnjava zaključke do kojih je došao u svom radu.
Kad student izloži sadržaj doktorskog rada, članovi stručnog povjerenstva postavljaju pitanja i iznose primjedbe na rad, a mogu tražiti i objašnjenja u vezi s radom i obranom.
Student treba odgovoriti na pitanja članova stručnog povjerenstva te dati tražena objašnjenja.
Student treba odgovoriti i na pitanja slušatelja.
Kad stručno povjerenstvo zaključi da se o predmetu obrane dovoljno raspravljalo, predsjednik stručnog povjerenstva priopćuje da je obrana zaključena, a stručno povjerenstvo se povlači na vijećanje i odlučivanje glasovanjem.
Rezultat obrane može biti:
Ocjena se donosi većinom glasova članova stručnog povjerenstva za obranu doktorskoga rada.
Isti doktorski rad može se braniti samo jednom.